こんにちは。
フォニックスは８割をおさえ残りの２割はどうするか、
その語源を探るとなると逆に深みに入りうることなんですよね。
それは、どこまでするか、難しい問題です。
beauに関しては、おっしゃる課程があったかどうか、
僕は知りえませんが、
フランス語由来とみていいんではないでしょうか？
フランスで「美しい」です。
フランス語のフォニックス（？？）では
eauは規則どおり「オ」と発音します。
つまりこの語beauは普通に（フランス語の綴りでは当然のように）「ボ」です。
ノルマンディ公征服時代か分かりませんがその名詞形beaute'ボテが広がりさらにfulがつきbeautifulになったと思われます。

>　その語源を探るとなると逆に深みに入りうることなんですよね。

そうですね。どこまでするかが難しい所ですね。指導側もどこまで教えるかというのが一つの課題のようです。

でもこうやって掘り下げて考えるのは面白いかもしれませんね。

>　フランス語由来とみていいんではないでしょうか？

なるほどこれはおもしろいですね。

私が勝手に考えたプロセスではなく（笑）、小山さんのおっしゃるように当時のフランス語eauの音を何か英語の母音で受け、その後15世紀頃に起きた大母音推移を経て今の音になったと考える方が理にかなってますね。

/ju:/は/eu/や/iu/から変化して、/u:/は/o:/から変化したようです。beautifulはこのどちらかかもしれません。

詳しい方がいたら教えて下さい。

ここで思ったのは、同じフランス語から入ってきた単語でも、eauを訓読みO（オウ）と読むものが結構あるんです。例えばbureauとかbateau等。

というのも、英語に入ってきた時代が、beautifulの方が上記の２つより数百年早いからです。

似たような例で、championのchは「チャ」で、clicheのchは「シャ」。

このように、同じフランス語語源でも入ってきた時代によって、英語での受け方が違います。

また、日本語語源のsushiのiを、「アイ」ではなく訓読みE（イー）で読みます。外来語は、つづりをそのままで、発音は元の音に近い音で、という傾向があるようです。と言うとまた「だからフォニックスは受け付けない」と言われそうですが・・・（笑）

しかし、このようなことは日本語でも決してめずらしくなくて、例えば「行」という字を「ギョウ」とか「コウ」とか「アン（行脚）」と色々な読み方をするのも、「行」を含む単語が中国から入ってきた時代や地域の違いによるものです。

「だから漢字は受け付けない」と言っている外国人もたくさんいることでしょう。（笑）

こういうのを考えると面白いですね。

いくつか似たような例を見ていけば、いかにもフランス語っぽいものは、eauだと訓読みO（オウ）で読むなあ、chをshと読むなあ、eを音読みO（アー）と読むなあ、と自然と傾向がわかってきます。下手にルール化してルールを複雑にするよりは、inputが増えれば自然にわかってくる方がいいのではないかと思うのですが、どうでしょうか？